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diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile b/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile
index 452d0120da4e..7e9fb6d39ea7 100644
--- a/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile
+++ b/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile
@@ -6,7 +6,7 @@
 #
 
 PORTNAME=	Bio-Phylo
-PORTVERSION=	0.36
+PORTVERSION=	0.38
 CATEGORIES=	biology perl5
 MASTER_SITES=	CPAN
 MASTER_SITE_SUBDIR=	CPAN:RVOSA
@@ -15,11 +15,15 @@ PKGNAMEPREFIX=	p5-
 MAINTAINER=	perl@FreeBSD.org
 COMMENT=	Phylogenetic analysis using perl
 
-RUN_DEPENDS=	p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \
-		p5-Math-Random>=0.67:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
-		p5-SVG>=1.07:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
+RUN_DEPENDS=	p5-GD>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-GD \
+		p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \
+		p5-Math-Random>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
+		p5-PDF-API2>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-PDF-API2 \
+		p5-SVG>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
 		p5-SWF-Builder>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SWF-Builder \
+		p5-XML-LibXML>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-LibXML \
 		p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
+		p5-XML-XML2JSON>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-XML2JSON \
 		p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
 		p5-libxml>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-libxml
 
@@ -28,45 +32,45 @@ PERL_CONFIGURE=	yes
 MAN3=		Bio::Phylo.3 \
 		Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
 		Bio::Phylo::Factory.3 \
+		Bio::Phylo::Forest.3 \
 		Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
 		Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
-		Bio::Phylo::Forest.3 \
 		Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
 		Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
 		Bio::Phylo::Generator.3 \
-		Bio::Phylo::Identifiable.3 \
 		Bio::Phylo::IO.3 \
+		Bio::Phylo::Identifiable.3 \
 		Bio::Phylo::Listable.3 \
 		Bio::Phylo::Manual.3 \
 		Bio::Phylo::Matrices.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Characters.3 \
 		Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
 		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
 		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
 		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
 		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
+		Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
 		Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
-		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
-		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
-		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
 		Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
-		Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
-		Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
 		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
-		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
 		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
 		Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
+		Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
 		Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3 \
 		Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3 \
 		Bio::Phylo::Parsers::Json.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \
-		Bio::Phylo::Matrices::Characters.3 \
 		Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
 		Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
 		Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
@@ -88,9 +92,12 @@ MAN3=		Bio::Phylo.3 \
 		Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
 		Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
 		Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
-		Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Processing.3 \
 		Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
+		Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
 		Bio::Phylo::Unparsers::Abstract.3 \
+		Bio::Phylo::Unparsers::Fasta.3 \
+		Bio::Phylo::Unparsers::Json.3 \
 		Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
 		Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
 		Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
@@ -99,9 +106,11 @@ MAN3=		Bio::Phylo.3 \
 		Bio::Phylo::Unparsers::Phylip.3 \
 		Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml.3 \
 		Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
-		Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
-		Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
+		Bio::Phylo::Util::Dependency.3 \
 		Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
+		Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
+		Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
+		Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3 \
 		Bio::Phylo::Util::StackTrace.3
 
 .include <bsd.port.mk>
diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo b/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo
index fed13c9f7b1e..b0587e57ed46 100644
--- a/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo
+++ b/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo
@@ -1,2 +1,2 @@
-SHA256 (Bio-Phylo-0.36.tar.gz) = 390ec14d1e87038117c4e3f4c6a6560433f126511a2a883772afe14ef54583e3
-SIZE (Bio-Phylo-0.36.tar.gz) = 268475
+SHA256 (Bio-Phylo-0.38.tar.gz) = 8fc920aa02fa49b5d7ddcb32440cb04850d993e67afe25769b28c40646db239d
+SIZE (Bio-Phylo-0.38.tar.gz) = 330826
diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist b/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist
index 0ab74d1e453d..94b4195e3cf0 100644
--- a/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist
+++ b/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist
@@ -1,41 +1,41 @@
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Factory.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawNode.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawTree.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Node.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Tree.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Generator.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Identifiable.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/IO.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Factory.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Identifiable.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Listable.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Manual.pod
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Characters.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Character.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Characters.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datum.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Matrix.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/TypeSafeData.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Protein.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Standard.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Restriction.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Dna.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Continuous.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Custom.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Dna.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Mixed.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Continuous.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Protein.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Restriction.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Rna.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Standard.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datum.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Matrix.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/TypeSafeData.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators/TaxaMediator.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/Libxml.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/Twig.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Twig.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Libxml.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta/XMLLiteral.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Libxml.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Twig.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta/XMLLiteral.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Writable.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Abstract.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Fasta.pm
@@ -51,19 +51,22 @@
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Project.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Set.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa/Taxon.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa/TaxaLinker.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa/Taxon.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa/TaxonLinker.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Abstract.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Canvas.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Pdf.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Swf.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Png.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Gif.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Jpeg.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Abstract.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Pdf.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Png.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Processing.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Svg.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Swf.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Abstract.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Fasta.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Json.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Mrp.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Newick.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Nexml.pm
@@ -71,10 +74,12 @@
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Pagel.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Phylip.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Phyloxml.pm
-%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Logger.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Dependency.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/IDPool.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Logger.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm
 %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio-Phylo/.packlist
 @dirrm %%SITE_PERL%%/%%PERL_ARCH%%/auto/Bio-Phylo
@@ -83,14 +88,14 @@
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers
+@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM
-@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML
+@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices
-@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest
 @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo
 @dirrmtry %%SITE_PERL%%/Bio