diff options
author | Andrej Zverev <az@FreeBSD.org> | 2014-01-05 12:07:20 +0000 |
---|---|---|
committer | Andrej Zverev <az@FreeBSD.org> | 2014-01-05 12:07:20 +0000 |
commit | f41a84cc7d54044c8fcbc96ce9aef8d24baf94a1 (patch) | |
tree | fb11824dba78512107bc8028b366c00245ab297b /biology/p5-Bio-Phylo | |
parent | 9322378f74a4f30723526ff97db8622a5f743c40 (diff) | |
download | ports-f41a84cc7d54044c8fcbc96ce9aef8d24baf94a1.tar.gz ports-f41a84cc7d54044c8fcbc96ce9aef8d24baf94a1.zip |
Notes
Diffstat (limited to 'biology/p5-Bio-Phylo')
-rw-r--r-- | biology/p5-Bio-Phylo/Makefile | 119 | ||||
-rw-r--r-- | biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist | 117 |
2 files changed, 117 insertions, 119 deletions
diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile b/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile index ad88ec6ef496..6e07cfade123 100644 --- a/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile +++ b/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile @@ -30,125 +30,6 @@ TEST_DEPENDS= p5-JSON>=0:${PORTSDIR}/converters/p5-JSON USES= perl5 USE_PERL5= configure -MAN3= Bio::Phylo.3 \ - Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \ - Bio::Phylo::Factory.3 \ - Bio::Phylo::Forest.3 \ - Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \ - Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \ - Bio::Phylo::Forest::Node.3 \ - Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3 \ - Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \ - Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3 \ - Bio::Phylo::Generator.3 \ - Bio::Phylo::IO.3 \ - Bio::Phylo::Identifiable.3 \ - Bio::Phylo::Listable.3 \ - Bio::Phylo::ListableRole.3 \ - Bio::Phylo::Manual.3 \ - Bio::Phylo::Matrices.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Characters.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole.3 \ - Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \ - Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::Entities.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \ - Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Adjacency.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Fastq.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Figtree.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Json.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Phylip.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Tnrs.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa.3 \ - Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS::Client.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS::Resource.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS::Service.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank.3 \ - Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank.3 \ - Bio::Phylo::Project.3 \ - Bio::Phylo::Set.3 \ - Bio::Phylo::Taxa.3 \ - Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \ - Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \ - Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Processing.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \ - Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Abstract.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Cdao.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Fasta.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Html.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Json.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Phylip.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Rss1.3 \ - Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist.3 \ - Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \ - Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int.3 \ - Bio::Phylo::Util::Dependency.3 \ - Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \ - Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \ - Bio::Phylo::Util::Logger.3 \ - Bio::Phylo::Util::MOP.3 \ - Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3 \ - Bio::Phylo::Util::StackTrace.3 \ - Bio::PhyloRole.3 - -NO_STAGE= yes post-patch: @${REINPLACE_CMD} -e '/NAME/ s|Bio-Phylo|Bio::Phylo|' ${WRKSRC}/Makefile.PL diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist b/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist index ccacd31eb8dc..7653911b7ce1 100644 --- a/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist +++ b/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist @@ -122,6 +122,123 @@ %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm %%SITE_PERL%%/Bio/PhyloRole.pm +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Factory.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::Node.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::Tree.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Generator.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::IO.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Identifiable.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Listable.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::ListableRole.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Manual.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Character.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Characters.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datum.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::Entities.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::Meta.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::Writable.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Adjacency.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Fastq.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Figtree.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Json.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Newick.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Phylip.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Table.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Tnrs.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS::Client.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS::Resource.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS::Service.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Project.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Set.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Taxa.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Processing.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Abstract.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Cdao.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Fasta.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Html.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Json.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Phylip.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Rss1.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::Dependency.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::Exceptions.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::IDPool.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::Logger.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::MOP.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::StackTrace.3.gz +%%PERL5_MAN3%%/Bio::PhyloRole.3.gz @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util @dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers |