diff options
author | Kurt Jaeger <pi@FreeBSD.org> | 2016-07-31 14:19:09 +0000 |
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committer | Kurt Jaeger <pi@FreeBSD.org> | 2016-07-31 14:19:09 +0000 |
commit | 02cdc45ea7681fbc117a9ceb3374f6554c366e78 (patch) | |
tree | 1bccee75564b00ea684629e1ecaab28afc380db6 /biology | |
parent | 5c1bdd2acfb747f313ca296f0ea07b120fc9548f (diff) | |
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Notes
Diffstat (limited to 'biology')
-rw-r--r-- | biology/seqtools/Makefile | 14 | ||||
-rw-r--r-- | biology/seqtools/distinfo | 5 | ||||
-rw-r--r-- | biology/seqtools/pkg-plist | 225 |
3 files changed, 227 insertions, 17 deletions
diff --git a/biology/seqtools/Makefile b/biology/seqtools/Makefile index 43f6c87723bf..6e2a936c9200 100644 --- a/biology/seqtools/Makefile +++ b/biology/seqtools/Makefile @@ -1,7 +1,7 @@ # $FreeBSD$ PORTNAME= seqtools -PORTVERSION= 4.42.1 +PORTVERSION= 4.43.0 CATEGORIES= biology MASTER_SITES= ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/resources/software/seqtools/PRODUCTION/ @@ -11,12 +11,16 @@ COMMENT= Tools for visualising sequence alignments LICENSE= GPLv3 LIB_DEPENDS= libcurl.so:ftp/curl \ - libsqlite3.so:databases/sqlite3 + libsqlite3.so:databases/sqlite3 \ + libfontconfig.so:x11-fonts/fontconfig \ + libfreetype.so:print/freetype2 -USES= compiler:c++14-lang execinfo libtool pkgconfig +BROKEN_FreeBSD_9= Fails to build due to C++ std issues + +USES= compiler:c++14-lang execinfo gettext libtool pkgconfig GNU_CONFIGURE= yes -#USE_GCC= any -USE_GNOME= gtk20 +USE_GNOME= cairo gdkpixbuf2 gtk20 +USE_XORG= x11 CFLAGS+= -I${LOCALBASE}/include LDFLAGS+= -L${LOCALBASE}/lib -lexecinfo -lcurl -lsqlite3 -lm MAKE_JOBS_UNSAFE= yes diff --git a/biology/seqtools/distinfo b/biology/seqtools/distinfo index 8da34000308f..d807537f46fc 100644 --- a/biology/seqtools/distinfo +++ b/biology/seqtools/distinfo @@ -1,2 +1,3 @@ -SHA256 (seqtools-4.42.1.tar.gz) = 5b3f7f5f213f47d72c7b2070ff94d0e5ca31a5be8b4558492d45e7dbbfad774b -SIZE (seqtools-4.42.1.tar.gz) = 5847308 +TIMESTAMP = 1469510431 +SHA256 (seqtools-4.43.0.tar.gz) = 01861098451eab001d49a039e60ddc6df22a61a7472924c850942ffdae396c8b +SIZE (seqtools-4.43.0.tar.gz) = 6862548 diff --git a/biology/seqtools/pkg-plist b/biology/seqtools/pkg-plist index 57c069cd6be3..a8e064fb6c53 100644 --- a/biology/seqtools/pkg-plist +++ b/biology/seqtools/pkg-plist @@ -1,13 +1,3 @@ -bin/belvu -bin/blixem -bin/blixemh -bin/dotter -include/gbtools/gbtools.hpp -include/gbtools/gbtoolsCurl.hpp -include/gbtools/gbtoolsGUI.hpp -include/gbtools/gbtoolsPfetch.hpp -include/gbtools/gbtoolsUtils.hpp -lib/libgbtools.a %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Belvu_manual.pdf %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Blixem_manual.pdf %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Dotter_manual.pdf @@ -19,3 +9,218 @@ lib/libgbtools.a %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/dotter_usage.txt %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/release_notes.html %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/todo.html +bin/belvu +bin/blixem +bin/blixemh +bin/dotter +include/blatSrc/ace.h +include/blatSrc/aliType.h +include/blatSrc/annoAssembly.h +include/blatSrc/annoFilter.h +include/blatSrc/annoFormatTab.h +include/blatSrc/annoFormatter.h +include/blatSrc/annoGrateWig.h +include/blatSrc/annoGrator.h +include/blatSrc/annoGratorQuery.h +include/blatSrc/annoOption.h +include/blatSrc/annoRow.h +include/blatSrc/annoStreamBigBed.h +include/blatSrc/annoStreamBigWig.h +include/blatSrc/annoStreamTab.h +include/blatSrc/annoStreamVcf.h +include/blatSrc/annoStreamer.h +include/blatSrc/apacheLog.h +include/blatSrc/asParse.h +include/blatSrc/axt.h +include/blatSrc/bPlusTree.h +include/blatSrc/bamFile.h +include/blatSrc/bandExt.h +include/blatSrc/base64.h +include/blatSrc/basicBed.h +include/blatSrc/bbiFile.h +include/blatSrc/bigBed.h +include/blatSrc/bigWig.h +include/blatSrc/binRange.h +include/blatSrc/bits.h +include/blatSrc/blastParse.h +include/blatSrc/boxClump.h +include/blatSrc/boxLump.h +include/blatSrc/bwgInternal.h +include/blatSrc/cda.h +include/blatSrc/cgi_build_rules.mk +include/blatSrc/chain.h +include/blatSrc/chainBlock.h +include/blatSrc/chainConnect.h +include/blatSrc/chainToAxt.h +include/blatSrc/chainToPsl.h +include/blatSrc/cheapcgi.h +include/blatSrc/cirTree.h +include/blatSrc/codebias.h +include/blatSrc/common.h +include/blatSrc/common.mk +include/blatSrc/correlate.h +include/blatSrc/crTree.h +include/blatSrc/crudeali.h +include/blatSrc/diGraph.h +include/blatSrc/diGraph.h.97 +include/blatSrc/dlist.h +include/blatSrc/dnaLoad.h +include/blatSrc/dnaMarkov.h +include/blatSrc/dnaMotif.h +include/blatSrc/dnaseq.h +include/blatSrc/dnautil.h +include/blatSrc/dtdParse.h +include/blatSrc/dyOut.h +include/blatSrc/dystring.h +include/blatSrc/elmTree.h +include/blatSrc/emblParse.h +include/blatSrc/ens.h +include/blatSrc/errAbort.h +include/blatSrc/errCatch.h +include/blatSrc/fa.h +include/blatSrc/fieldedTable.h +include/blatSrc/filePath.h +include/blatSrc/flydna.h +include/blatSrc/fof.h +include/blatSrc/fq.h +include/blatSrc/fuzzyFind.h +include/blatSrc/gapCalc.h +include/blatSrc/gdf.h +include/blatSrc/genoFind.h +include/blatSrc/genomeRangeTree.h +include/blatSrc/gfClientLib.h +include/blatSrc/gfPcrLib.h +include/blatSrc/gfWebLib.h +include/blatSrc/gff.h +include/blatSrc/gff3.h +include/blatSrc/gfxPoly.h +include/blatSrc/gifLabel.h +include/blatSrc/hacTree.h +include/blatSrc/hash.h +include/blatSrc/hex.h +include/blatSrc/hgGene.h +include/blatSrc/hgap.h +include/blatSrc/hgdb.h +include/blatSrc/histogram.h +include/blatSrc/hmac.h +include/blatSrc/hmmPfamParse.h +include/blatSrc/hmmstats.h +include/blatSrc/htmlPage.h +include/blatSrc/htmshell.h +include/blatSrc/https.h +include/blatSrc/intValTree.h +include/blatSrc/internet.h +include/blatSrc/itsa.h +include/blatSrc/iupac.h +include/blatSrc/jointalign.h +include/blatSrc/jpegSize.h +include/blatSrc/jsonParse.h +include/blatSrc/jsonWrite.h +include/blatSrc/keys.h +include/blatSrc/knetUdc.h +include/blatSrc/kxTok.h +include/blatSrc/linefile.h +include/blatSrc/localEnvironment.mk +include/blatSrc/localmem.h +include/blatSrc/log.h +include/blatSrc/longToList.h +include/blatSrc/maDbRep.h +include/blatSrc/maToFf.h +include/blatSrc/maf.h +include/blatSrc/mailViaPipe.h +include/blatSrc/md5.h +include/blatSrc/memalloc.h +include/blatSrc/memgfx.h +include/blatSrc/meta.h +include/blatSrc/metaWig.h +include/blatSrc/mime.h +include/blatSrc/net.h +include/blatSrc/nib.h +include/blatSrc/nibTwo.h +include/blatSrc/nt4.h +include/blatSrc/obscure.h +include/blatSrc/oldGff.h +include/blatSrc/oligoTm.h +include/blatSrc/ooc.h +include/blatSrc/options.h +include/blatSrc/pairDistance.h +include/blatSrc/pairHmm.h +include/blatSrc/paraFetch.h 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+include/gbtools/gbtoolsTrackhub.hpp +include/gbtools/gbtoolsUtils.hpp +include/json/json-forwards.h +include/json/json.h +lib/libgbtools.a |