- Update to 2.16

PR:		136995
Submitted by:	David Necas <yeti@gwyddion.net> (maintainer)

4 files changed, 324 insertions, 268 deletions

diff --git a/science/gwyddion/Makefile b/science/gwyddion/Makefile
index 3b860b5af8ef..c7c76d0aa98c 100644
--- a/science/gwyddion/Makefile
+++ b/science/gwyddion/Makefile
@@ -6,8 +6,7 @@
 #
 
 PORTNAME=	gwyddion
-PORTVERSION=	2.9
-PORTREVISION=	3
+PORTVERSION=	2.16
 CATEGORIES=	science graphics
 MASTER_SITES=	${MASTER_SITE_SOURCEFORGE_EXTENDED}
 MASTER_SITE_SUBDIR=	${PORTNAME}
@@ -18,15 +17,14 @@ PATCH_SITE_SUBDIR=	${MASTER_SITE_SUBDIR}
 MAINTAINER=	yeti@gwyddion.net
 COMMENT=	A gtk2 based SPM data visualization and analysis tool
 
-LIB_DEPENDS=	tiff.4:${PORTSDIR}/graphics/tiff \
-		gtkglext-x11-1.0.0:${PORTSDIR}/x11-toolkits/gtkglext \
+LIB_DEPENDS=	gtkglext-x11-1.0.0:${PORTSDIR}/x11-toolkits/gtkglext \
 		fftw3.5:${PORTSDIR}/math/fftw3
 
 GNU_CONFIGURE=	yes
 CONFIGURE_ENV=	CPPFLAGS="-I${LOCALBASE}/include" \
 		LDFLAGS="-L${LOCALBASE}/lib"
 CONFIGURE_ARGS=	--disable-gtk-doc --with-html-dir=${PREFIX}/share/doc \
-		--disable-pascal --disable-pygwy
+		--disable-pascal --disable-pygwy --without-kde4-thumbnailer
 
 MAKE_ARGS=	pkgconfigdatadir=${PREFIX}/libdata/pkgconfig
 
@@ -40,7 +38,7 @@ USE_RUBY=	yes
 USE_LDCONFIG=	yes
 INSTALLS_ICONS=	yes
 
-MAN1=		gwyddion.1
+MAN1=		gwyddion.1 gwyddion-thumbnailer.1
 MAN3=		Gwyddion::dump.3pm
 
 .if defined(WITHOUT_NLS)
@@ -51,6 +49,11 @@ USE_GETTEXT=	yes
 PLIST_SUB+=	NLS=""
 .endif
 
+.if !defined(WITHOUT_GCONF) || exists(${LOCALBASE}/bin/gconftool-2)
+USE_GNOME+=	gconf2
+GCONF_SCHEMAS=	gwyddion-thumbnailer.schemas
+.endif
+
 # Fix shared library versioning and inhibit installation of .la files manually.
 # Ports libtool + ltverhack fixes versions but it installs static versions of
 # modules, so one would have to hack it too.
diff --git a/science/gwyddion/distinfo b/science/gwyddion/distinfo
index 919aa4797c40..396c186ce370 100644
--- a/science/gwyddion/distinfo
+++ b/science/gwyddion/distinfo
@@ -1,3 +1,3 @@
-MD5 (gwyddion-2.9.tar.bz2) = 6f5c3448749822962211347168123cf3
-SHA256 (gwyddion-2.9.tar.bz2) = e619f2a0a7a8d1bf37b982893e3953b5d4a77a729716442504b9ca1485c983ff
-SIZE (gwyddion-2.9.tar.bz2) = 2330381
+MD5 (gwyddion-2.16.tar.bz2) = c8c3a7eb7678c0dbfebb1bc36d570ef9
+SHA256 (gwyddion-2.16.tar.bz2) = 13563fa8a2a88d18ad92a871c77faca119379fed0c7d7e85c1e67d1ef52cfcfe
+SIZE (gwyddion-2.16.tar.bz2) = 2756806
diff --git a/science/gwyddion/files/patch-data-gwyddion.pc.in b/science/gwyddion/files/patch-data-gwyddion.pc.in
new file mode 100644
index 000000000000..ff71671c493e
--- /dev/null
+++ b/science/gwyddion/files/patch-data-gwyddion.pc.in
@@ -0,0 +1,9 @@
+--- data/gwyddion.pc.in.orig	2007-10-18 15:06:29.000000000 +0200
++++ data/gwyddion.pc.in	2009-07-22 16:39:38.000000000 +0200
+@@ -12,5 +12,5 @@
+ Description: Gwyddion library
+ Version: @VERSION@
+ Requires: glib-2.0 >= 2.6.0 gtk+-2.0 >= 2.6.0 pangoft2 @GTKGLEXT_DEPENDENCY@ @FFTW3_DEPENDENCY@
+-Libs: -L${libdir} -lgwyapp2 -lgwymodule2 -lgwydgets2 -lgwydraw2 -lgwyprocess2 -lgwyddion2 @LIBTIFF@
++Libs: -L${libdir} -lgwyapp2 -lgwymodule2 -lgwydgets2 -lgwydraw2 -lgwyprocess2 -lgwyddion2
+ Cflags: -I${includedir}/gwyddion -I${libdir}/gwyddion/include
diff --git a/science/gwyddion/pkg-plist b/science/gwyddion/pkg-plist
index 242c00203831..cc368b97bf61 100644
--- a/science/gwyddion/pkg-plist
+++ b/science/gwyddion/pkg-plist
@@ -1,52 +1,192 @@
-lib/libgwyddion2.so.0
-lib/libgwyddion2.so
-lib/libgwyprocess2.so.0
-lib/libgwyprocess2.so
-lib/libgwydraw2.so.0
-lib/libgwydraw2.so
-lib/libgwydgets2.so.0
-lib/libgwydgets2.so
-lib/libgwymodule2.so.0
-lib/libgwymodule2.so
-lib/libgwyapp2.so.0
-lib/libgwyapp2.so
-lib/gwyddion/modules/file/assing-afm.so
+bin/gwyddion
+bin/gwyddion-thumbnailer
+include/gwyddion/app/app.h
+include/gwyddion/app/data-browser.h
+include/gwyddion/app/datachooser.h
+include/gwyddion/app/file.h
+include/gwyddion/app/filelist.h
+include/gwyddion/app/funcuse.h
+include/gwyddion/app/glmaterial-editor.h
+include/gwyddion/app/gradient-editor.h
+include/gwyddion/app/gwyapp.h
+include/gwyddion/app/gwyapptypes.h
+include/gwyddion/app/gwymoduleutils-file.h
+include/gwyddion/app/gwymoduleutils.h
+include/gwyddion/app/gwyplaintool.h
+include/gwyddion/app/gwytool.h
+include/gwyddion/app/menu.h
+include/gwyddion/app/resource-editor.h
+include/gwyddion/app/settings.h
+include/gwyddion/app/undo.h
+include/gwyddion/app/validate.h
+include/gwyddion/app/wait.h
+include/gwyddion/libdraw/gwydraw.h
+include/gwyddion/libdraw/gwydrawenums.h
+include/gwyddion/libdraw/gwyglmaterial.h
+include/gwyddion/libdraw/gwygradient.h
+include/gwyddion/libdraw/gwypixfield.h
+include/gwyddion/libdraw/gwyrgba.h
+include/gwyddion/libdraw/gwyselection.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwycontainer.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyddion.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyddionenums.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyddiontypes.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwydebugobjects.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyentities.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyenum.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyexpr.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyfdcurvepreset.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyinventory.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwymacros.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwymath.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwymathfallback.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwymd5.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwynlfit.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwynlfitpreset.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyresource.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyserializable.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwysiunit.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwystringlist.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyutils.h
+include/gwyddion/libgwyddion/gwyversion.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwy3dlabel.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwy3dsetup.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwy3dview.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwy3dwindow.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyaxis.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwycoloraxis.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwycolorbutton.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwycombobox.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwycurve.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwydataview.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwydataviewlayer.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwydatawindow.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwydgetenums.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwydgets.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwydgettypes.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwydgetutils.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygrainvaluemenu.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraph.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygrapharea.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphbasics.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphcorner.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphcurvemodel.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphcurves.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphdata.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphlabel.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphmodel.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphselections.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphwindow.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyhmarkerbox.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyhruler.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyinventorystore.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwylayer-basic.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwylayer-mask.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwymarkerbox.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwynullstore.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyoptionmenus.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwypixmaplayer.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyradiobuttons.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyruler.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyscitext.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongraph1darea.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongrapharea.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongraphline.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongraphpoint.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongraphzoom.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwysensitivitygroup.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyshader.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwystatusbar.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwystock.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyvectorlayer.h
+include/gwyddion/libgwydgets/gwyvruler.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-file.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-graph.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-layer.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-process.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-tool.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymodulebrowser.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymoduleenums.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymoduleloader.h
+include/gwyddion/libgwymodule/gwymoduletypes.h
+include/gwyddion/libprocess/arithmetic.h
+include/gwyddion/libprocess/cdline.h
+include/gwyddion/libprocess/correct.h
+include/gwyddion/libprocess/correlation.h
+include/gwyddion/libprocess/cwt.h
+include/gwyddion/libprocess/datafield.h
+include/gwyddion/libprocess/dataline.h
+include/gwyddion/libprocess/dwt.h
+include/gwyddion/libprocess/elliptic.h
+include/gwyddion/libprocess/filters.h
+include/gwyddion/libprocess/fractals.h
+include/gwyddion/libprocess/grains.h
+include/gwyddion/libprocess/gwygrainvalue.h
+include/gwyddion/libprocess/gwyprocess.h
+include/gwyddion/libprocess/gwyprocessenums.h
+include/gwyddion/libprocess/gwyprocesstypes.h
+include/gwyddion/libprocess/hough.h
+include/gwyddion/libprocess/interpolation.h
+include/gwyddion/libprocess/inttrans.h
+include/gwyddion/libprocess/level.h
+include/gwyddion/libprocess/linestats.h
+include/gwyddion/libprocess/simplefft.h
+include/gwyddion/libprocess/spectra.h
+include/gwyddion/libprocess/stats.h
+include/gwyddion/libprocess/tip.h
+lib/gwyddion/include/gwyconfig.h
 lib/gwyddion/modules/file/apefile.so
 lib/gwyddion/modules/file/asciiexport.so
+lib/gwyddion/modules/file/assing-afm.so
 lib/gwyddion/modules/file/bcrfile.so
 lib/gwyddion/modules/file/burleigh.so
+lib/gwyddion/modules/file/burleigh_bii.so
+lib/gwyddion/modules/file/burleigh_exp.so
 lib/gwyddion/modules/file/createc.so
 lib/gwyddion/modules/file/dmefile.so
-lib/gwyddion/modules/file/ezdfile.so
 lib/gwyddion/modules/file/ecsfile.so
+lib/gwyddion/modules/file/ezdfile.so
 lib/gwyddion/modules/file/gwyfile.so
 lib/gwyddion/modules/file/hdf4file.so
 lib/gwyddion/modules/file/hitachi-afm.so
 lib/gwyddion/modules/file/intematix.so
 lib/gwyddion/modules/file/jeol.so
 lib/gwyddion/modules/file/jpkscan.so
+lib/gwyddion/modules/file/mapvue.so
 lib/gwyddion/modules/file/metropro.so
 lib/gwyddion/modules/file/microprof.so
 lib/gwyddion/modules/file/mifile.so
+lib/gwyddion/modules/file/nanoeducator.so
+lib/gwyddion/modules/file/nanonis.so
 lib/gwyddion/modules/file/nanoscope-ii.so
 lib/gwyddion/modules/file/nanoscope.so
-lib/gwyddion/modules/file/nanonis.so
 lib/gwyddion/modules/file/nanotop.so
 lib/gwyddion/modules/file/netcdf.so
 lib/gwyddion/modules/file/nt-mdt.so
+lib/gwyddion/modules/file/ols.so
 lib/gwyddion/modules/file/omicron.so
+lib/gwyddion/modules/file/omicronmatrix.so
+lib/gwyddion/modules/file/opdfile.so
 lib/gwyddion/modules/file/pixmap.so
 lib/gwyddion/modules/file/pnifile.so
 lib/gwyddion/modules/file/psia.so
+lib/gwyddion/modules/file/quesant.so
 lib/gwyddion/modules/file/rawfile.so
+lib/gwyddion/modules/file/rawgraph.so
 lib/gwyddion/modules/file/rhk-sm3.so
 lib/gwyddion/modules/file/rhk-spm32.so
 lib/gwyddion/modules/file/sdfile.so
 lib/gwyddion/modules/file/seiko.so
+lib/gwyddion/modules/file/sensofar.so
+lib/gwyddion/modules/file/sensolytics.so
 lib/gwyddion/modules/file/shimadzu.so
+lib/gwyddion/modules/file/sicmfile.so
 lib/gwyddion/modules/file/sis.so
+lib/gwyddion/modules/file/spip-asc.so
 lib/gwyddion/modules/file/spml.so
 lib/gwyddion/modules/file/spmlab.so
+lib/gwyddion/modules/file/spmlabf.so
 lib/gwyddion/modules/file/stmprg.so
 lib/gwyddion/modules/file/stpfile.so
 lib/gwyddion/modules/file/surffile.so
@@ -66,6 +206,7 @@ lib/gwyddion/modules/layer/ellipse.so
 lib/gwyddion/modules/layer/line.so
 lib/gwyddion/modules/layer/point.so
 lib/gwyddion/modules/layer/rectangle.so
+lib/gwyddion/modules/plugin-proxy.so
 lib/gwyddion/modules/process/acf2d.so
 lib/gwyddion/modules/process/angle_dist.so
 lib/gwyddion/modules/process/arithmetic.so
@@ -80,12 +221,13 @@ lib/gwyddion/modules/process/dwtanisotropy.so
 lib/gwyddion/modules/process/edge.so
 lib/gwyddion/modules/process/facet-level.so
 lib/gwyddion/modules/process/facet_analysis.so
-lib/gwyddion/modules/process/fractal.so
 lib/gwyddion/modules/process/fft.so
 lib/gwyddion/modules/process/fft_filter_1d.so
 lib/gwyddion/modules/process/fft_filter_2d.so
+lib/gwyddion/modules/process/fft_profile.so
 lib/gwyddion/modules/process/fit_2d.so
 lib/gwyddion/modules/process/fraccor.so
+lib/gwyddion/modules/process/fractal.so
 lib/gwyddion/modules/process/gradient.so
 lib/gwyddion/modules/process/grain_cross.so
 lib/gwyddion/modules/process/grain_dist.so
@@ -94,10 +236,12 @@ lib/gwyddion/modules/process/grain_rem_threshold.so
 lib/gwyddion/modules/process/grain_wshed.so
 lib/gwyddion/modules/process/hough.so
 lib/gwyddion/modules/process/immerse.so
+lib/gwyddion/modules/process/indent_analyze.so
 lib/gwyddion/modules/process/laplace.so
 lib/gwyddion/modules/process/level.so
 lib/gwyddion/modules/process/linecorrect.so
 lib/gwyddion/modules/process/local_contrast.so
+lib/gwyddion/modules/process/mark_with.so
 lib/gwyddion/modules/process/maskcor.so
 lib/gwyddion/modules/process/maskops.so
 lib/gwyddion/modules/process/median-bg.so
@@ -112,6 +256,7 @@ lib/gwyddion/modules/process/scars.so
 lib/gwyddion/modules/process/shade.so
 lib/gwyddion/modules/process/slope_dist.so
 lib/gwyddion/modules/process/sphere-revolve.so
+lib/gwyddion/modules/process/tilt.so
 lib/gwyddion/modules/process/tip_blind.so
 lib/gwyddion/modules/process/tip_model.so
 lib/gwyddion/modules/process/tipops.so
@@ -130,177 +275,131 @@ lib/gwyddion/modules/tool/polynom.so
 lib/gwyddion/modules/tool/profile.so
 lib/gwyddion/modules/tool/readvalue.so
 lib/gwyddion/modules/tool/roughness.so
+lib/gwyddion/modules/tool/selectionmanager.so
 lib/gwyddion/modules/tool/sfunctions.so
 lib/gwyddion/modules/tool/spectro.so
 lib/gwyddion/modules/tool/spotremove.so
 lib/gwyddion/modules/tool/stats.so
-lib/gwyddion/modules/plugin-proxy.so
 lib/gwyddion/perl/Gwyddion/dump.pm
-lib/gwyddion/python/Gwyddion/dump.py
 lib/gwyddion/python/Gwyddion/__init__.py
-lib/gwyddion/python/Gwyddion/dump.pyc
 lib/gwyddion/python/Gwyddion/__init__.pyc
-lib/gwyddion/python/Gwyddion/dump.pyo
 lib/gwyddion/python/Gwyddion/__init__.pyo
+lib/gwyddion/python/Gwyddion/dump.py
+lib/gwyddion/python/Gwyddion/dump.pyc
+lib/gwyddion/python/Gwyddion/dump.pyo
 lib/gwyddion/ruby/gwyddion/dump.rb
-lib/gwyddion/include/gwyconfig.h
+lib/libgwyapp2.so
+lib/libgwyapp2.so.0
+lib/libgwyddion2.so
+lib/libgwyddion2.so.0
+lib/libgwydgets2.so
+lib/libgwydgets2.so.0
+lib/libgwydraw2.so
+lib/libgwydraw2.so.0
+lib/libgwymodule2.so
+lib/libgwymodule2.so.0
+lib/libgwyprocess2.so
+lib/libgwyprocess2.so.0
 libdata/pkgconfig/gwyddion.pc
-include/gwyddion/libgwyddion/gwycontainer.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyddion.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyddionenums.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyddiontypes.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwydebugobjects.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyentities.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyenum.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyexpr.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyfdcurvepreset.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyinventory.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwymacros.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwymath.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwymathfallback.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwymd5.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwynlfit.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwynlfitpreset.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyresource.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyserializable.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwysiunit.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwystringlist.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyutils.h
-include/gwyddion/libgwyddion/gwyversion.h
-include/gwyddion/libprocess/arithmetic.h
-include/gwyddion/libprocess/cdline.h
-include/gwyddion/libprocess/correct.h
-include/gwyddion/libprocess/correlation.h
-include/gwyddion/libprocess/cwt.h
-include/gwyddion/libprocess/datafield.h
-include/gwyddion/libprocess/dataline.h
-include/gwyddion/libprocess/dwt.h
-include/gwyddion/libprocess/elliptic.h
-include/gwyddion/libprocess/filters.h
-include/gwyddion/libprocess/fractals.h
-include/gwyddion/libprocess/grains.h
-include/gwyddion/libprocess/gwygrainvalue.h
-include/gwyddion/libprocess/gwyprocess.h
-include/gwyddion/libprocess/gwyprocessenums.h
-include/gwyddion/libprocess/gwyprocesstypes.h
-include/gwyddion/libprocess/hough.h
-include/gwyddion/libprocess/interpolation.h
-include/gwyddion/libprocess/inttrans.h
-include/gwyddion/libprocess/level.h
-include/gwyddion/libprocess/linestats.h
-include/gwyddion/libprocess/simplefft.h
-include/gwyddion/libprocess/spectra.h
-include/gwyddion/libprocess/stats.h
-include/gwyddion/libprocess/tip.h
-include/gwyddion/libdraw/gwydraw.h
-include/gwyddion/libdraw/gwydrawenums.h
-include/gwyddion/libdraw/gwyglmaterial.h
-include/gwyddion/libdraw/gwygradient.h
-include/gwyddion/libdraw/gwypixfield.h
-include/gwyddion/libdraw/gwyrgba.h
-include/gwyddion/libdraw/gwyselection.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwy3dlabel.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwy3dsetup.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwy3dview.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwy3dwindow.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyaxis.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwycoloraxis.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwycolorbutton.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwycombobox.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwydataview.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwydataviewlayer.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwydatawindow.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwydgets.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwydgetenums.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwydgettypes.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwydgetutils.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygrainvaluemenu.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphcurvemodel.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphdata.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphmodel.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphwindow.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygrapharea.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphbasics.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphcorner.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphcurves.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraph.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphlabel.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwygraphselections.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyhmarkerbox.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyhruler.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyinventorystore.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwylayer-basic.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwylayer-mask.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwymarkerbox.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwynullstore.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyoptionmenus.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwypixmaplayer.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyruler.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyradiobuttons.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyscitext.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongraph1darea.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongrapharea.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongraphline.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongraphpoint.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyselectiongraphzoom.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwysensitivitygroup.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyshader.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwystatusbar.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwystock.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyvectorlayer.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwyvruler.h
-include/gwyddion/libgwydgets/gwycurve.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-file.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-graph.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-layer.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-process.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymodule-tool.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymodulebrowser.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymoduleenums.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymoduleloader.h
-include/gwyddion/libgwymodule/gwymoduletypes.h
-include/gwyddion/app/app.h
-include/gwyddion/app/data-browser.h
-include/gwyddion/app/datachooser.h
-include/gwyddion/app/file.h
-include/gwyddion/app/filelist.h
-include/gwyddion/app/funcuse.h
-include/gwyddion/app/glmaterial-editor.h
-include/gwyddion/app/gradient-editor.h
-include/gwyddion/app/gwyplaintool.h
-include/gwyddion/app/gwytool.h
-include/gwyddion/app/gwyapp.h
-include/gwyddion/app/gwyapptypes.h
-include/gwyddion/app/gwymoduleutils-file.h
-include/gwyddion/app/gwymoduleutils.h
-include/gwyddion/app/menu.h
-include/gwyddion/app/resource-editor.h
-include/gwyddion/app/settings.h
-include/gwyddion/app/undo.h
-include/gwyddion/app/validate.h
-include/gwyddion/app/wait.h
-bin/gwyddion
 libexec/gwyddion/plugins/file/dump
-libexec/gwyddion/plugins/process/invert_perl.pl.rgi
-libexec/gwyddion/plugins/process/invert_python.py.rgi
-libexec/gwyddion/plugins/process/yellow.sh.rgi
+libexec/gwyddion/plugins/process/invert_narray.rb
 libexec/gwyddion/plugins/process/invert_perl.pl
+libexec/gwyddion/plugins/process/invert_perl.pl.rgi
 libexec/gwyddion/plugins/process/invert_python.py
-libexec/gwyddion/plugins/process/yellow.sh
-libexec/gwyddion/plugins/process/invert_narray.rb
+libexec/gwyddion/plugins/process/invert_python.py.rgi
 libexec/gwyddion/plugins/process/invert_ruby.rb
 libexec/gwyddion/plugins/process/invert_ruby.rb.rgi
-%%NLS%%share/locale/cs/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
-%%NLS%%share/locale/de/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
-%%NLS%%share/locale/fr/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
-%%NLS%%share/locale/it/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
-share/mime/packages/gwyddion.xml
-share/icons/hicolor/48x48/apps/gwyddion.png
+libexec/gwyddion/plugins/process/yellow.sh
+libexec/gwyddion/plugins/process/yellow.sh.rgi
+share/applications/gwyddion.desktop
+%%DATADIR%%/glmaterials/Alien-Alloy
+%%DATADIR%%/glmaterials/Black-Plastic
+%%DATADIR%%/glmaterials/Black-Rubber
+%%DATADIR%%/glmaterials/Brass
+%%DATADIR%%/glmaterials/Bright-White
+%%DATADIR%%/glmaterials/Bronze
+%%DATADIR%%/glmaterials/Chrome
+%%DATADIR%%/glmaterials/Coolish-White
+%%DATADIR%%/glmaterials/Copper
+%%DATADIR%%/glmaterials/Cyan-Plastic
+%%DATADIR%%/glmaterials/Cyan-Rubber
+%%DATADIR%%/glmaterials/Emerald
+%%DATADIR%%/glmaterials/Gold
+%%DATADIR%%/glmaterials/Green-Plastic
+%%DATADIR%%/glmaterials/Green-Rubber
+%%DATADIR%%/glmaterials/Jade
+%%DATADIR%%/glmaterials/Obsidian
+%%DATADIR%%/glmaterials/Pearl
+%%DATADIR%%/glmaterials/Pewter
+%%DATADIR%%/glmaterials/Polished-Bronze
+%%DATADIR%%/glmaterials/Polished-Copper
+%%DATADIR%%/glmaterials/Polished-Gold
+%%DATADIR%%/glmaterials/Red-Plastic
+%%DATADIR%%/glmaterials/Red-Rubber
+%%DATADIR%%/glmaterials/Ruby
+%%DATADIR%%/glmaterials/Silver
+%%DATADIR%%/glmaterials/Turquoise
+%%DATADIR%%/glmaterials/Warmish-White
+%%DATADIR%%/glmaterials/White-Plastic
+%%DATADIR%%/glmaterials/White-Rubber
+%%DATADIR%%/glmaterials/Yellow-Plastic
+%%DATADIR%%/glmaterials/Yellow-Rubber
+%%DATADIR%%/gradients/BW1
+%%DATADIR%%/gradients/BW2
+%%DATADIR%%/gradients/Blend1
+%%DATADIR%%/gradients/Blend2
+%%DATADIR%%/gradients/Blue
+%%DATADIR%%/gradients/Blue-Cyan
+%%DATADIR%%/gradients/Blue-Violet
+%%DATADIR%%/gradients/Blue-Yellow
+%%DATADIR%%/gradients/Body
+%%DATADIR%%/gradients/Caribbean
+%%DATADIR%%/gradients/Code-V
+%%DATADIR%%/gradients/Cold
+%%DATADIR%%/gradients/DFit
+%%DATADIR%%/gradients/Digitalis
+%%DATADIR%%/gradients/Gold
+%%DATADIR%%/gradients/Green
+%%DATADIR%%/gradients/Green-Cyan
+%%DATADIR%%/gradients/Green-Stripes-4
+%%DATADIR%%/gradients/Green-Violet
+%%DATADIR%%/gradients/Green-Yellow
+%%DATADIR%%/gradients/Gwyddion.net
+%%DATADIR%%/gradients/Halcyon
+%%DATADIR%%/gradients/Lines
+%%DATADIR%%/gradients/Maple
+%%DATADIR%%/gradients/NT-MDT
+%%DATADIR%%/gradients/Neon
+%%DATADIR%%/gradients/Olive
+%%DATADIR%%/gradients/Pink
+%%DATADIR%%/gradients/Plum
+%%DATADIR%%/gradients/Pm3d
+%%DATADIR%%/gradients/Rainbow1
+%%DATADIR%%/gradients/Rainbow2
+%%DATADIR%%/gradients/Red
+%%DATADIR%%/gradients/Red-Cyan
+%%DATADIR%%/gradients/Red-Stripes-5
+%%DATADIR%%/gradients/Red-Violet
+%%DATADIR%%/gradients/Red-Yellow
+%%DATADIR%%/gradients/Rust
+%%DATADIR%%/gradients/Saw1
+%%DATADIR%%/gradients/Shame
+%%DATADIR%%/gradients/Sky
+%%DATADIR%%/gradients/Sm2
+%%DATADIR%%/gradients/Spectral
+%%DATADIR%%/gradients/Spring
+%%DATADIR%%/gradients/Warm
+%%DATADIR%%/gradients/Warpp-mono
+%%DATADIR%%/gradients/Warpp-spectral
+%%DATADIR%%/gradients/Wyko
+%%DATADIR%%/gradients/Yellow
+%%DATADIR%%/gradients/Zones
 %%DATADIR%%/pixmaps/cd_line.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/cd_rline.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/cd_rstep.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/cd_step.png
+%%DATADIR%%/pixmaps/circle_down.png
+%%DATADIR%%/pixmaps/circle_up.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_3d_base-24.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_arithmetic-24.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_bold-20.png
@@ -391,6 +490,7 @@ share/icons/hicolor/48x48/apps/gwyddion.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_scale_horizontally-24.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_scale_vertically-24.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_scars-24.png
+%%DATADIR%%/pixmaps/gwy_selections-24.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_shader-24.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_spectrum-24.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_spot_remove-24.png
@@ -405,88 +505,18 @@ share/icons/hicolor/48x48/apps/gwyddion.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwy_zoom_out-24.png
 %%DATADIR%%/pixmaps/gwyddion.ico
 %%DATADIR%%/pixmaps/splash.png
-%%DATADIR%%/glmaterials/Alien-Alloy
-%%DATADIR%%/glmaterials/Black-Plastic
-%%DATADIR%%/glmaterials/Black-Rubber
-%%DATADIR%%/glmaterials/Brass
-%%DATADIR%%/glmaterials/Bright-White
-%%DATADIR%%/glmaterials/Bronze
-%%DATADIR%%/glmaterials/Chrome
-%%DATADIR%%/glmaterials/Coolish-White
-%%DATADIR%%/glmaterials/Copper
-%%DATADIR%%/glmaterials/Cyan-Plastic
-%%DATADIR%%/glmaterials/Cyan-Rubber
-%%DATADIR%%/glmaterials/Emerald
-%%DATADIR%%/glmaterials/Gold
-%%DATADIR%%/glmaterials/Green-Plastic
-%%DATADIR%%/glmaterials/Green-Rubber
-%%DATADIR%%/glmaterials/Jade
-%%DATADIR%%/glmaterials/Obsidian
-%%DATADIR%%/glmaterials/Pearl
-%%DATADIR%%/glmaterials/Pewter
-%%DATADIR%%/glmaterials/Polished-Bronze
-%%DATADIR%%/glmaterials/Polished-Copper
-%%DATADIR%%/glmaterials/Polished-Gold
-%%DATADIR%%/glmaterials/Red-Plastic
-%%DATADIR%%/glmaterials/Red-Rubber
-%%DATADIR%%/glmaterials/Ruby
-%%DATADIR%%/glmaterials/Silver
-%%DATADIR%%/glmaterials/Turquoise
-%%DATADIR%%/glmaterials/Warmish-White
-%%DATADIR%%/glmaterials/White-Plastic
-%%DATADIR%%/glmaterials/White-Rubber
-%%DATADIR%%/glmaterials/Yellow-Plastic
-%%DATADIR%%/glmaterials/Yellow-Rubber
-%%DATADIR%%/gradients/BW1
-%%DATADIR%%/gradients/BW2
-%%DATADIR%%/gradients/Blend1
-%%DATADIR%%/gradients/Blend2
-%%DATADIR%%/gradients/Blue
-%%DATADIR%%/gradients/Blue-Cyan
-%%DATADIR%%/gradients/Blue-Violet
-%%DATADIR%%/gradients/Blue-Yellow
-%%DATADIR%%/gradients/Body
-%%DATADIR%%/gradients/Caribbean
-%%DATADIR%%/gradients/Cold
-%%DATADIR%%/gradients/DFit
-%%DATADIR%%/gradients/Digitalis
-%%DATADIR%%/gradients/Gold
-%%DATADIR%%/gradients/Green
-%%DATADIR%%/gradients/Green-Cyan
-%%DATADIR%%/gradients/Green-Stripes-4
-%%DATADIR%%/gradients/Green-Violet
-%%DATADIR%%/gradients/Green-Yellow
-%%DATADIR%%/gradients/Gwyddion.net
-%%DATADIR%%/gradients/Halcyon
-%%DATADIR%%/gradients/Lines
-%%DATADIR%%/gradients/Maple
-%%DATADIR%%/gradients/Neon
-%%DATADIR%%/gradients/Olive
-%%DATADIR%%/gradients/Pink
-%%DATADIR%%/gradients/Plum
-%%DATADIR%%/gradients/Pm3d
-%%DATADIR%%/gradients/Rainbow1
-%%DATADIR%%/gradients/Rainbow2
-%%DATADIR%%/gradients/Red
-%%DATADIR%%/gradients/Red-Cyan
-%%DATADIR%%/gradients/Red-Stripes-5
-%%DATADIR%%/gradients/Red-Violet
-%%DATADIR%%/gradients/Red-Yellow
-%%DATADIR%%/gradients/Rust
-%%DATADIR%%/gradients/Saw1
-%%DATADIR%%/gradients/Shame
-%%DATADIR%%/gradients/Sky
-%%DATADIR%%/gradients/Sm2
-%%DATADIR%%/gradients/Spectral
-%%DATADIR%%/gradients/Spring
-%%DATADIR%%/gradients/Warm
-%%DATADIR%%/gradients/Yellow
-%%DATADIR%%/gradients/Zones
 %%DATADIR%%/ui/toolbox.xml
-share/applications/gwyddion.desktop
+share/icons/hicolor/48x48/apps/gwyddion.png
+%%NLS%%share/locale/cs/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
+%%NLS%%share/locale/de/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
+%%NLS%%share/locale/fr/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
+%%NLS%%share/locale/it/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
+%%NLS%%share/locale/ru/LC_MESSAGES/gwyddion.mo
 share/mime/application/x-ape-spm.xml
 share/mime/application/x-bcr-spm.xml
 share/mime/application/x-bcrf-spm.xml
+share/mime/application/x-burleigh-bii-spm.xml
+share/mime/application/x-burleigh-export-spm.xml
 share/mime/application/x-burleigh-spm.xml
 share/mime/application/x-createc-spm.xml
 share/mime/application/x-dme-spm.xml
@@ -496,24 +526,34 @@ share/mime/application/x-hitachi-spm.xml
 share/mime/application/x-intematix-spm.xml
 share/mime/application/x-jeol-spm.xml
 share/mime/application/x-jpk-image-scan.xml
+share/mime/application/x-mapvue.xml
 share/mime/application/x-mi-spm.xml
 share/mime/application/x-micromap-spm.xml
 share/mime/application/x-microprof.xml
+share/mime/application/x-nanoeducator-spm.xml
 share/mime/application/x-nanonis-spm.xml
 share/mime/application/x-nanoscope-ii-spm.xml
 share/mime/application/x-nanoscope-iii-spm.xml
 share/mime/application/x-nanosurf-spm.xml
 share/mime/application/x-nanotop-spm.xml
 share/mime/application/x-nt-mdt-spm.xml
+share/mime/application/x-olympus-lex-3000.xml
+share/mime/application/x-omicron-matrix-spm.xml
 share/mime/application/x-omicron-spm.xml
 share/mime/application/x-pni-spm.xml
+share/mime/application/x-quesant-afm.xml
 share/mime/application/x-rhk-sm2-spm.xml
 share/mime/application/x-rhk-sm3-spm.xml
 share/mime/application/x-sdf-spm.xml
 share/mime/application/x-seiko-spm.xml
+share/mime/application/x-sensofar-spm.xml
+share/mime/application/x-sensolytics-spm.xml
 share/mime/application/x-shimadzu-spm.xml
+share/mime/application/x-sicm-spm.xml
 share/mime/application/x-sis-spm.xml
+share/mime/application/x-spip-asc.xml
 share/mime/application/x-spml-spm.xml
+share/mime/application/x-spmlab-float-spm.xml
 share/mime/application/x-spmlab-spm.xml
 share/mime/application/x-stmprg-spm.xml
 share/mime/application/x-stp-spm.xml
@@ -521,24 +561,20 @@ share/mime/application/x-surf-spm.xml
 share/mime/application/x-unisoku-spm.xml
 share/mime/application/x-witec-spm.xml
 share/mime/application/x-wsxm-spm.xml
+share/mime/application/x-wyko-asc.xml
+share/mime/application/x-wyko-opd.xml
 share/mime/application/x-zygo-spm.xml
-@dirrm share/gwyddion/gradients
-@dirrm share/gwyddion/glmaterials
-@dirrm share/gwyddion/pixmaps
-@dirrm share/gwyddion/ui
-@dirrm share/gwyddion
+share/mime/packages/gwyddion.xml
+@dirrm %%DATADIR%%/ui
+@dirrm %%DATADIR%%/pixmaps
+@dirrm %%DATADIR%%/gradients
+@dirrm %%DATADIR%%/glmaterials
+@dirrm %%DATADIR%%
+@dirrmtry share/applications
 @dirrm libexec/gwyddion/plugins/process
 @dirrm libexec/gwyddion/plugins/file
 @dirrm libexec/gwyddion/plugins
 @dirrm libexec/gwyddion
-@dirrm include/gwyddion/app
-@dirrm include/gwyddion/libgwymodule
-@dirrm include/gwyddion/libgwydgets
-@dirrm include/gwyddion/libdraw
-@dirrm include/gwyddion/libprocess
-@dirrm include/gwyddion/libgwyddion
-@dirrm include/gwyddion
-@dirrm lib/gwyddion/include
 @dirrm lib/gwyddion/ruby/gwyddion
 @dirrm lib/gwyddion/ruby
 @dirrm lib/gwyddion/python/Gwyddion
@@ -551,4 +587,12 @@ share/mime/application/x-zygo-spm.xml
 @dirrm lib/gwyddion/modules/graph
 @dirrm lib/gwyddion/modules/file
 @dirrm lib/gwyddion/modules
+@dirrm lib/gwyddion/include
 @dirrm lib/gwyddion
+@dirrm include/gwyddion/libprocess
+@dirrm include/gwyddion/libgwymodule
+@dirrm include/gwyddion/libgwydgets
+@dirrm include/gwyddion/libgwyddion
+@dirrm include/gwyddion/libdraw
+@dirrm include/gwyddion/app
+@dirrm include/gwyddion