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path: root/biology/p5-Bio-Phylo
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authorAndrej Zverev <az@FreeBSD.org>2014-01-05 12:07:20 +0000
committerAndrej Zverev <az@FreeBSD.org>2014-01-05 12:07:20 +0000
commitf41a84cc7d54044c8fcbc96ce9aef8d24baf94a1 (patch)
treefb11824dba78512107bc8028b366c00245ab297b /biology/p5-Bio-Phylo
parent9322378f74a4f30723526ff97db8622a5f743c40 (diff)
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- support stage
Notes
Notes: svn path=/head/; revision=338751
Diffstat (limited to 'biology/p5-Bio-Phylo')
-rw-r--r--biology/p5-Bio-Phylo/Makefile119
-rw-r--r--biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist117
2 files changed, 117 insertions, 119 deletions
diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile b/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile
index ad88ec6ef496..6e07cfade123 100644
--- a/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile
+++ b/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile
@@ -30,125 +30,6 @@ TEST_DEPENDS= p5-JSON>=0:${PORTSDIR}/converters/p5-JSON
USES= perl5
USE_PERL5= configure
-MAN3= Bio::Phylo.3 \
- Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
- Bio::Phylo::Factory.3 \
- Bio::Phylo::Forest.3 \
- Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
- Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
- Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
- Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3 \
- Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
- Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3 \
- Bio::Phylo::Generator.3 \
- Bio::Phylo::IO.3 \
- Bio::Phylo::Identifiable.3 \
- Bio::Phylo::Listable.3 \
- Bio::Phylo::ListableRole.3 \
- Bio::Phylo::Manual.3 \
- Bio::Phylo::Matrices.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Characters.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole.3 \
- Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
- Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::Entities.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
- Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Adjacency.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Fastq.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Figtree.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Json.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Phylip.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Tnrs.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa.3 \
- Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS::Client.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS::Resource.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS::Service.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank.3 \
- Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank.3 \
- Bio::Phylo::Project.3 \
- Bio::Phylo::Set.3 \
- Bio::Phylo::Taxa.3 \
- Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
- Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
- Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Processing.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
- Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Abstract.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Cdao.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Fasta.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Html.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Json.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Phylip.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Rss1.3 \
- Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist.3 \
- Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
- Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int.3 \
- Bio::Phylo::Util::Dependency.3 \
- Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
- Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
- Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
- Bio::Phylo::Util::MOP.3 \
- Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3 \
- Bio::Phylo::Util::StackTrace.3 \
- Bio::PhyloRole.3
-
-NO_STAGE= yes
post-patch:
@${REINPLACE_CMD} -e '/NAME/ s|Bio-Phylo|Bio::Phylo|' ${WRKSRC}/Makefile.PL
diff --git a/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist b/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist
index ccacd31eb8dc..7653911b7ce1 100644
--- a/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist
+++ b/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist
@@ -122,6 +122,123 @@
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm
%%SITE_PERL%%/Bio/PhyloRole.pm
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Factory.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::Node.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::Tree.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Generator.3.gz
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+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Listable.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::ListableRole.3.gz
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+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Character.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Characters.3.gz
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+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3.gz
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+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::Exceptions.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::IDPool.3.gz
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@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT
@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util
@dirrm %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers
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